Bệnh viện Cây trồng (BVCT) trực thuộc Học viện Nông nghiệp Việt Nam được thành lập vào tháng 11 năm 2018. BVCT được thành lập nhằm đáp ứng nhu cầu chữa bệnh và chăm sóc sức khỏe cho cây trồng nông nghiệp, cây đô thị cảnh quan và cây di sản.

Bệnh viện có chức năng chẩn đoán, chữa bệnh, tư vấn phòng chống bệnh; nghiên cứu khoa học và chuyển giao khoa học kỹ thuật, cung cấp các dịch vụ và kỹ thuật chất lượng cao, tham gia đào tạo nguồn nhân lực và các dịch vụ các vấn đề liên quan đến  sức khỏe cây trồng theo qui định của Học viện và pháp luật; tham gia đào tạo sinh viên các bậc đại học, cao học và nghiên cứu sinh  cũng như tập huấn ngắn hạn cho người nông dân, trang trại, doanh nghiệp sản xuất cây trồng về chăm sóc và bảo vệ sức khỏe cho cây trồng. Hơn nữa, BVCT cũng cung cấp các dịch vụ liên quan đến sức khỏe cây trồng và nghiên cứu các sản phẩm như thuốc trừ sâu sinh học ứng dụng trong sản xuất nông nghiệp hữu cơ. BVCT sẽ thực hiện các dịch vụ chẩn đoán sức khỏe cây trồng dựa trên các kỹ thuật chẩn đoán và xét nghiệm chuẩn và hiện đại, nhằm vào các yếu tố sinh vật và phi sinh vật liên quan trực tiếp đến sức khỏe cây trồng. Ngoài ra, BVCT không chỉ tư vấn phương pháp mà còn cung cấp phương tiện đảm bảo sức khỏe cây trồng tốt nhất cho khách hàng. Hoạt động của Bệnh viện là sự đóng góp trực tiếp và thiết thực của Học viện đối với cộng đồng trong lĩnh vực sản xuất cây trồng.